Ichigo Kurosaki, un jeune lycéen de 15 ans aurait pu être un humain comme tous les autres, si seulement il n'avait pas la capacité de voir les âmes errantes qui sont malheureusement bloquées sur Terre pour une quelconque raison. Il vit un jour sa vie bouleversée par une incroyable rencontre: Kuchiki Rukia, une jeune Shinigami ayant été affectée en mission dans la ville de Karakura, à la périphérie de Tokyo. Ichigo vit cette jeune fille trancher la tête d'un hollow qui par la suite s'envola « comme par magie ». Le soir, dans son lit, alors qu'il repensait à tout ça, il surprit la demoiselle Kuchiki en train d’entrer par la fenêtre de sa chambre. Elle fut très étonnée de constater qu'Ichigo puisse non seulement la voir et lui parler mais également la toucher. Le soir même, celle-ci se vit entamer un combat contre un autre Hollow et s'en retrouva gravement blessée. Ichigo décida de lui porter secours alors que le Hollow s'attaquait à sa famille. Afin de pouvoir vaincre ce monstre, Rukia pris la décision de transférer une partie de ses pouvoirs à Ichigo et pour cela, il devait planter le Zanpakutô de celle-ci dans son propre cœur. C’est sans hésitation qu’il accomplit cette tâche, mais pour une raison inconnue, celui-ci hérite de la totalité des pouvoirs de Rukia et terrassa sans aucune difficulté le Hollow. Rukia ne pouvant donc plus protéger Karakura, emprunta un Gigai et intégra le lycée d'Ichigo pour pouvoir rester à ses côtés. Ils accomplirent ensemble le travail de Shinigami qui consiste à envoyer les âmes errantes à la Soul Society.

Malheureusement, après deux mois de cela, un capitaine ou plutôt, son propre frère, Kuchiki Byakuya et un lieutenant, Abarai Renji vinrent à sa recherche pour la ramener chez elle. Il ne leur a fallut que très peu de temps pour l’interpeler et ils s'apprêtaient à retourner à la Soul Society. Seulement il était convenu qu’une fois là bas, elle serait juger pour ses actes et condamné.

Les Shinigamis sont des âmes formées pour combattre les Hollows, pour l’enterrement des âmes sur terre ou de nombreuses autres fonctions dans la Soul Society… Ceux-ci sont répartis en 13 divisions qui comportent toutes un capitaine et un vice capitaine. On appel cela le Gotei 13. Le capitaine est le plus fort de sa division. Chaque Shinigami ayant réussi son examen se trouve affecté à une division parmi ces 13. Ceux-ci combattent avec des Zanpakutos qui ont chacun leur nom. Leur grandeur est proportionnelle à la force spirituelle du Shinigami. Ils peuvent utiliser des techniques tel que le Kido contre les Hollows. Ils sont toujours habillés d'un large kimono noir et d'un katana rangé à l'endroit désiré du porteur : Ils sont donc facilement reconnaissables.

Ichigo décida de sauver son amie du sort qui l’attendait : la mort. A l'aide de quelques amis possédant eux aussi une force spirituelle plus élévée que la normal humaine, il commença un rude entrainement de dix jours pour devenir plus puissant. Byakuya avait réduit à néant ses pouvoirs pouvoir de Shinigami. Heureusement pour lui, les pouvoirs dont il avait hérité n’était autre que ceux de Rukia, et ce qu’il ne savait pas c’est qu’il possédait ses propres pouvoirs de Shinigami. Il devait donc les regagner : Pour cela, un homme répondant au nom de Urahara Kisuke lui coupa sa chaine de karma, il disait que cela lui permettrais de recouvrer ses pouvoirs, mais cela ne serait pas aussi facile que ça. Couper la chaîne de karma, revient à tuer un individu et accélérer sa métamorphose en hollow. Pour échaper à cet horrible sort, Ichigo devait sortir du Shattered Shaft créé par Urahara , qui permettait à sa chaîne de karma de se consumer beaucoup moins vite, et tout cela sans utiliser ses bras. À deux doigt de la transformation, Ichigo parvint à se sortir du gouffre, avec comme « récompense » un masque de hollow, il avait donc retrouvé ses pouvoirs

Lors de son arrivée, avec ses amis à la Soul Society, la guerre fut vité déclarée : Pendant plus d'une semaine, ils menèrent des rudes combats. Yoruichi, une jeune femme ancienne Shinigami exilée de la Soul Society pendant 1 siècle aida Ichigo à acquérir plus de puissance afin de vaincre Byakuya. Grâce à son entrainement spécial, il peut maintenant maitriser le Bankai et s'en servira contre son ennemi.

Rukia est sur l'échafaud et Yamamoto, capitaine de la 1ière division et considéré comme le plus puissant Shinigami que la Soul Société lui demande si elle a une dernière volonté. Celle-ci émet alors le souhait qu'Ichigo et ses amis soient renvoyés chez eux sains et saufs mais cet homme n'est pas décidé à les laisser partir tranquillement. Le sceau du Soukyoku est libéré et Rukia se retrouve crucifiée au dessus de la foule venue voir son exécution. Elle n'est pas effrayé par la mort qui l’attend, elle se dit qu'elle a eu une belle vie en rencontrant Renji, Byakuya, Kaien et Ichigo. Alors que le Soukyoku va s'abattre sur Rukia, Ichigo surgit et le bloque. Mais le Soukyoku n'a pas dit son dernier mot, il prend du recule afin d'attaquer à nouveau. Ukitake arrive alors, rejoint par Shunsui. Ensembles ils libèrent un sceau afin de détruire le Soukyoku. Cela est considéré comme une trahison par le vieux Yama. Soi fon n'en croit pas ses yeux, le parchemin de Shunsui et Ukitake porte le sceau de la famille de Yoruichi. Ichigo libère alors Rukia. Byakuya ne parvient toujours pas à comprendre pourquoi Ichigo s'entête à vouloir sauver sa sœur. Ichigo quant à lui ne comprend pas comment Byakuya peut la laisser se faire exécuter. Mais Byakuya ne veut pas en discuter et préfère se concentrer sur le combat. Un combat qu'il perdit humblement.

De l'autre côté, Hitsugaya Toshirô et Matsumoto Rangiku pénètrent dans la chambre des 46 et découvrent avec stupeur que tous les dirigeants de la Soul Society sont morts. Hitgusaya remarque que le sang est caillé. Les dirigeants sont donc morts depuis longtemps. Ils réalisent que l'ordre d'exécution de Rukia, les mesures prises pour se débarrasser des ryokas... sont tous faux. Hinamori pénètre à son tour dans la chambre des 46. Gin Ichimaru apparait derrière elle. Il l’amène au quartier résidentiel de la chambre 46. Là-bas elle y retrouve : Aizen Sosuke, que tout le monde croyait mort. Mais les retrouvailles sont de courte durée, Aizen n’hésita pas Hinamori. Hitsugaya arrive mais il est trop tard, Hinamori est déjà à terre et se vide de son sang. Aizen n'était effectivement pas mort et il complotait depuis qu'il est devenu capitaine pour prendre le contrôle de la Soul Society et la détruire. Hitsugaya ne pouvant le croire, il sort son Bankai mais même avec cela il ne parvint pas à toucher l’ex capitaine. En un coup Aizen le met KO et s'apprête à disparaître avec Ichimaru. Cependant arrive Unohana et son lieutenant. Unohana avait senti que le corps du capitaine mort n'était qu'une marionnette. Aizen révèle que le pouvoir de son Zanpakuto est de mettre les gens sous hypnose. Ainsi il a mis tous les êtres de la Seireitei sous son contrôle. Cependant pour être hypnotisé, il faut voir le Zanpakuto. Tousen Kaname qui est aveugle suit donc le capitaine Aizen de son plein gré. Renji et Rukia rencontrent Tousen et celui-ci les téléporte sur la colline de l'échafaud. Ils sont bientôt rejoints par Aizen et Ichimaru.

Aizen demande à Renji de poser Rukia et de partir. La capitaine de la qatrième division Unohana et son lieutenant Isane font appel à la technique du Kakushi Tsuijaku afin de repérer Aizen et d'envoyer toute la Soul Society à sa poursuite. Ichigo ne comprend pas trop ce qui se passe. Ishida lui raconte alors que si la chambre des 46 qui prend toutes les décisions à la Soul Society a été anéantie, cela veut dire que le but d'Aizen est de tuer Rukia coûte que coûte. Renji de son côté n'est pas décidé à laisser une nouvelle fois son amie s'éloigner de lui. Aizen dégaine donc son Zanpakuto et blesse Renji. Rukia tente de lui demander de la laisser mais il n'écoute pas. Aizen lui dit alors qu'il savait que Renji allait lui poser des problèmes car il n'avait pas réussit à le manipuler comme il l'avait fait avec Hinamori et Kira. Enervé par le fait qu'Aizen se soit joué de ses amis, Renji libère Zabimaru. Mais Aizen est fort et il arrête Zabimaru à mains nues. Alors qu'Aizen s'avance pour porter le coup de grâce à Renji, Ichigo s'interpose. Ichigo demande à Renji de s'enfuir avec Rukia mais celui-ci refuse. Il veut tenter d'ouvrir une voie pour qu'Ichigo achève Aizen. Il utilise alors les dernières ressources de Zabimaru. Mais Aizen prouve sa supériorité en balayant Ichigo et Renji en un instant. Aizen attrape alors Rukia. Ichigo veut encore se battre mais Aizen lui dit que son devoir est fini. Cette phrase étonne Ichigo. Aizen répond alors qu'il avait tout prévu du départ pour la Soul Society jusqu'à l'utilisation du canon pour pénétrer le Seireitei. Tout ça dans l'unique but de détourner l'attention des Shinigamis sur eux et pouvoir agir tranquillement dans l'ombre. Le but ultime d'Aizen est de récupérer un artefact que Kisuke Urahara a caché dans l’âme de Rukia, un objet qui permet de rendre les Shinigamis plus forts en leur permettant d’accomplir la hollowmophose et inversement pour les hollow. Aizen se retourne alors vers Rukia. Il lui explique tout le plan qu’il avait mis en œuvre pour récupérer le hou-gyoku caché dans son corps. Pour extraire le hou-gyoku, Aizen a étudié toutes les recherches d’Urahara Kisuke. Par conséquent il utilise une technique étrange et arrache le hou-gyoku du corps de Rukia. Une fois en possession de l’objet tant convoité, Aizen ordonne à Ichimaru de tuer Rukia. Mais Byakuya s’interpose et sauve sa sœur. C’est alors que des menos grande apparaissent pour sauver Aizen, Tousen et Ichimaru. Ils les amenèrent dans le Hueco Mondo

L'histoire se passe après cet évènement…